第11集　　Percy命Alex外出作一次任務，作為她的畢業測試。令她去刺殺卡迪爾佐曼，Nikita想要幫助她完成這項任務。但是Birkhoff發現了組織系統漏洞--可以與外界聊天的工具，知道Nikita有內部人員做內應，于是Percy決定在執行這次任務時一石二鳥將Nikita也抓住。由于Alex不敢開槍殺人，Nikita前去營救她。兩人一起逃到一個屋里，Nikita讓Alex將自己抓起來，以便完成這次任務。Nikita被抓，Alex在準備去救她而布置炸彈時被Thom發現，兩人扭打起來，Alex情急之下射中Thom腹部，Nikita趕來告訴Alex兩人要一起走，Alex含淚做出自己要留在組織做內應的要求，并把從Percy那偷來的出入卡放在Thom那造成他是內應的假象。Nikita從組織外部的流動逃走，Alex晉升為外部探員。 第12集　　Alex畢業后被植入新追蹤器，Nikita發現新追蹤器是裝在大腦皮層之下并可以隨時引爆。為解除追蹤器，Nikita設計抓捕了Birkhoff，并逼他說出筆記本電腦密碼，以便改變追蹤器信號顯示。柏西帶走了Birkhoff，幫助Nikita的CIA分析師Ryan因此而被降職。 第13集　　埃及王妃雇傭組織刺殺埃及王子，Nikita前往解救。期間Alex與Nikita聯系的錄像被Michael看到，他對Alex產生了懷疑。 第14集　　在這集中，客串演員NoahBean扮演的角色原CIA情報分析師Ryan將會招募尼基塔來完成一項的任務。尼基塔將會有機會與曾經在組織里就已熟知的人打交道。而Alex與Nathan的關系將會更進一步。 第15集　　Alex外出執行任務時遇到以前認識的女人Irina。Alex試圖幫助Irina擺脫控制她的人，但她的老朋友為了還債出賣了她，將她交給俄羅斯黑幫頭目Vlad。Nikita聯絡不到Alex，知道她遇到了麻煩。在尋找Alex的過程中，Nikita與同樣在尋找Alex的Michael不期而遇。Nikita不能把Alex的真實身份暴露給Michael，但是又想利用Michael救出Alex，這給她出了一道難題。 第16集　　Amanda以加速Alex康復為由給她注射大量藥劑，并乘她意識模糊之機審問她--Amanda堅信Alex隱瞞了許多秘密。Nikita意識到Alex有危險，想用特殊的方式來幫助她。但Nikita的聯絡人出賣了她，令她不得不面對一個她不想見的敵人。與此同時，Michael對Alex的疑心越來越重，密令Birkhoff暗中調查她。 第17集　　Michael終于發現了Alex是潛入組織的臥底這個真相。并且以此要挾Nikita幫他找到殺害自己家人的兇手。對家人的責任感和愛，這也算是Michael的魅力所在了。之前和Alex死掐的Jardon也順利畢業，看來Alex以后的路真的不好走啊。 第18集　　Owen再次找到Nikita，稱他已經掌握了其中一個黑盒子的下落。Nikita決定和Owen一起前往倫敦，但卻發現Owen的行為有些異常。Owen稱他要將黑盒子里的內容公諸于眾，但Nikita堅決反對，矛盾隨即爆發。與此同時，Percy發現了Nikita的行蹤，命令Michael趕到倫敦殺掉Nikita。Amanda偷聽到Jaden和Alex的爭吵，得知Alex隱藏了一條秘密的逃跑通道。Amanda再次將Alex抓到審訊室，試圖用測謊儀探測Alex隱藏的所有秘密。 第19集　　Nikita認為Alex繼續待在組織里會有危險，決定安排她離開。還未等兩人將計劃付諸實施，Alex接到命令與Jaden去海外執行一項任務：阻止某國總統的兒子販賣新研發的神經毒氣。和以往一樣，Alex再次陷入生死危機，她必須做出一個重要決定--挽救任務還是挽救她自己?最終她放棄了逃離計劃，救出了jaden。 第20集　　Nikita繼續攔截存有組織機密信息的黑盒子，令Percy又惱又氣。Percy命令Michael去賓夕法尼亞州某小鎮核查其中一個黑盒子的安全性及負責保護黑盒子的守護者是否對組織忠誠。Nikita搶先來到該小鎮，卻驚訝地發現守護者只是一個叫Dana(ChristinaMoses)的普通女人--她放棄了自己的職責，只想和丈夫孩子在一起過普通的生活。Michael受形勢所迫不得不將Dana的情況匯報給Percy，Percy立刻調派大批殺手趕來清理Dana留下的一切痕跡。