故事延續第一季，原石反應堆計劃在上京市遭到王一飛等人的破壞后，王一飛被神秘的黑甲武士掠走，去向不明。與此同時，來自南海邊陲的除魔少女唐尋嫣帶著她的守護者燕青，踏上了這片是非之地。盤古少爺丁思聰漁翁得利成功接管盤古集團后，為挽救家族企業，銳意開發并推出VR游戲，一時大賣。不料好景不長，白天看似平靜的上京市，一到夜晚，竟變成人人自危的屠宰場。神秘反派利用方石的黑暗之力，異化無辜市民，化身不明生物，晝伏夜出，獵殺一切所見之物。唐尋嫣和她的守護者燕青力圖挽救危局，徹查不明物種源頭。丁思聰和織田信長面對內憂外患，選擇抗爭到底。
