《最后的99天》取材于真實(shí)的歷史事件，講述了解放前夕，在距新政協(xié)預(yù)定的會(huì)期還有99天之際，上海地下黨為了爭(zhēng)取并掩護(hù)民主人士北上參加第一屆新政協(xié)會(huì)議，一對(duì)同父異母的兄弟即共產(chǎn)黨人肖昆和國(guó)民黨軍官肖鵬之間，展開(kāi)殊死搏斗的故事。 解放戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)入最后階段，距新政協(xié)預(yù)定的會(huì)期還有99天……　　武漢開(kāi)往上海的火車在即將到達(dá)上海的時(shí)候突然臨時(shí)停車，廖云山和肖鵬等人秘密上了車。火車再次啟動(dòng)時(shí)，陳安被肖鵬的槍口頂住，陳安叛變了！　　陳安說(shuō)出了與儲(chǔ)漢君的特殊關(guān)系原來(lái)陳家與儲(chǔ)家是世交，陳父與儲(chǔ)漢君在他出生前指腹定婚，此次他要與儲(chǔ)漢君的獨(dú)生女完婚。陳安的這一身份引起了特派員廖云山的興趣。　　火車晚點(diǎn)半小時(shí)進(jìn)站了。陳安拎著箱子下車，他的穿著打扮跟接頭密電里交待的一模一樣。賈程程欲要上前接頭，肖昆一眼瞥見(jiàn)他的同父異母兄弟肖鵬，他預(yù)感不好決定放棄接頭，于是沖肖鵬大喊，差點(diǎn)就跟陳安接頭的賈程程驚出一身的冷汗。看著賈程程，肖鵬心里總有一種說(shuō)不出的不對(duì)勁。他輕聲告訴哥哥，自己正在執(zhí)行任務(wù)讓他先離開(kāi)此地。　　這一天，陸軍高等指揮學(xué)校校長(zhǎng)徐杰生正在舉行畢業(yè)典禮。特派員廖云山突然出現(xiàn)，章默美接受了新任務(wù)回到儲(chǔ)漢君家去監(jiān)視和保護(hù)儲(chǔ)漢君，因?yàn)檎履朗莾?chǔ)家保姆的女兒。　　陳安遵廖云山命獨(dú)自來(lái)到儲(chǔ)家，儲(chǔ)蘭云對(duì)這位從未謀面的夫君很是惱火，更何況有母親剛死，便出言不遜。　　肖昆是儲(chǔ)漢君的得意門生，二人情同父子。肖昆改行經(jīng)商，儲(chǔ)漢君惋惜不已。儲(chǔ)漢君提出要找個(gè)資料助理員時(shí)，肖昆便一口答應(yīng)。　　賈程程作為資料員來(lái)到儲(chǔ)府，陳安很是激動(dòng)，因?yàn)閺幕疖囌镜哪且豢唐穑驼J(rèn)定賈程程是來(lái)接自己的；儲(chǔ)蘭云則對(duì)賈程程很是反感，譏諷賈程程是來(lái)做填房的。賈程程被激怒了，她把賈程程反鎖在書(shū)房，憤然離去。　　恰好廖云山和肖鵬來(lái)儲(chǔ)府拜訪，賈程程的舉動(dòng)映入肖鵬的眼簾，好感之余也生出幾分懷疑，賈程程會(huì)不會(huì)是來(lái)與陳安接頭的呢？　　廖云山警告陳安，如果三天內(nèi)303仍不跟他接頭，就不再留著他。　　陳安嚇壞了，忙趁陪儲(chǔ)蘭云購(gòu)物之機(jī)，到報(bào)社與記者小王接頭，被肖鵬發(fā)現(xiàn)，小王被殺。　　肖昆和賈程程也在研究除掉陳安的辦法，因?yàn)橐坏╆惏才c儲(chǔ)蘭云結(jié)婚，陳安便有了保護(hù)傘。沒(méi)想到儲(chǔ)漢君向肖昆道出了一段實(shí)情儲(chǔ)蘭云不是他的女兒，陳安卻是他的親生兒子……儲(chǔ)漢君懇求肖昆把這個(gè)秘密爛在心里，不能告訴任何人。肖昆不得不讓賈程程取消除掉陳安的計(jì)劃，賈程程甚是不解。　　儲(chǔ)家在準(zhǔn)備儲(chǔ)蘭云和陳安的訂婚禮，儲(chǔ)蘭云則絕食抗?fàn)帯Ｕ履栏嬖V賈程程，儲(chǔ)蘭云如此反抗不僅因?yàn)樗幌矚g陳安，還因?yàn)樗睦飷?ài)上了肖鵬。　　儲(chǔ)漢君經(jīng)過(guò)激烈的思想斗爭(zhēng)，終于戰(zhàn)勝了個(gè)人感情，他決定放棄婚禮，放棄陳安。　　陳安再次感到自身的危機(jī)，他認(rèn)定了303就是肖昆。于是，他決定殺死肖鵬母親來(lái)嫁禍于肖昆……肖鵬母親死亡，肖鵬發(fā)誓與肖昆決裂！　　這天，肖昆正在召集上海地下黨就護(hù)送民主人士南下香港一事召開(kāi)緊急會(huì)議，結(jié)果被堵。前來(lái)圍堵的肖鵬沖肖昆大喊如果你有種，你現(xiàn)在就承認(rèn)你是303……　　陳安拿出家信告訴儲(chǔ)蘭云，他才是儲(chǔ)漢君的親生兒子。在她與自己之間，儲(chǔ)漢君決不會(huì)選擇與自己沒(méi)有一點(diǎn)血緣關(guān)系的儲(chǔ)蘭云！儲(chǔ)蘭云的人生信念徹底崩潰了，她沖上樓頂……賈程程懇求肖鵬用愛(ài)救下儲(chǔ)蘭云，肖鵬艱難地說(shuō)出我愛(ài)你……　 　肖鵬向廖云山提出要與儲(chǔ)蘭云結(jié)婚。廖云山將計(jì)就計(jì)，把儲(chǔ)蘭云從上海接到香港。香港報(bào)紙大肆報(bào)道，儲(chǔ)漢君與國(guó)民黨聯(lián)姻。新婚之夜，肖鵬向儲(chǔ)蘭云說(shuō)明跟她結(jié)婚是為了救她而不是愛(ài)她。因?yàn)樗男睦镆呀?jīng)有賈程程了……廖云山帶數(shù)名警衛(wèi)持槍沖了進(jìn)來(lái)，陳安向肖鵬開(kāi)槍，儲(chǔ)蘭云撲入肖鵬的面前，中彈倒入肖鵬的懷里……　　廖云山得知儲(chǔ)漢君已離開(kāi)香港奔向解放區(qū)，他讓人帶話，可以用肖昆和章默美一換一。　　肖昆和章默美在與艱難時(shí)局的奮戰(zhàn)中相愛(ài)了，他們返回香港，見(jiàn)到前來(lái)頂換自己的哥哥肖昆時(shí)，肖鵬震撼了！他毫不遲疑地行動(dòng)了，這行動(dòng)長(zhǎng)久以來(lái)盤(pán)桓在他的內(nèi)心深處……看著陳安倒下，看著四下特務(wù)的倒下，肖鵬笑著倒在自己的血泊里……　 　新中國(guó)成立的禮炮響過(guò)了，肖昆和章默美離開(kāi)了肖鵬的墓碑，只有賈程程長(zhǎng)久地佇立在墓碑前……